A magyar református egyház "alulról építkező" és a "zsinat-presbiteri" elvet követi. Mindjárt látszik, hogy mit is jelent ez.
Az egyház szervezeti alapegysége az egyházközség. (A Magyarországi Református Egyház mintegy 1200 egyházközségből épül fel.) Jogi intézményként működik, Tagjai azok a 18 évet betöltött, konfirmált emberek, akik hozzájárulnak a gyülekezet fenntartásához anyagilag, ezért az egyházközségi gyűlésen szavazati joggal rendelkeznek. Az egyházközség tagjai presbitereket választanak, majd a presbiterek közül a gondnokot. Az egyházközség képviselője a lelkész (lelkipásztor) és a gondnok. A presbiterek választják az egyházmegye, az egyházkerület tisztségviselőit és a Zsinat tagjait.
A gyülekezetnek az egyházközség választójoggal rendelkező tagjai kívül részei még a gyermekek, a még nem konfirmált felnőttek, vagy fiatalok és minden látogató, aki csak részt vesz a lelki alkalmakon.
Több egyházközség az egyházi kormányzás és igazgatás céljából felsőbb hatósággá egyesülése az egyházmegye. A 27 egyházmegye mindegyike mintegy 30-90 egyházközséget tömörít. Ez a terület nagyságától, a bele tartozó egyházközségek létszámától, bizonyos mértékig a történelmi hagyományoktól függ. Az egyházmegye legfőbb szerve az egyházmegyei közgyűlés, amely élén az esperes és az egyházmegyei főgondnok áll. Az egyházmegyének joga van az egyházi törvényekben megszabott keretek között, azokkal nem ellentétes szabályrendeleteket hozni.
Több egyházmegyének az egyházi igazgatás céljából felsőbb egyházi hatósággá egyesülése az egyházkerület. (A négy egyházkerület mindegyikébe 6-8 egyházmegye tartozik). Az egyházkerület legfőbb szerve az egyházkerületi közgyűlés, amely élén püspökök állnak világi elnöktársaikkal, a főgondnokokkal. Az egyházkerületi közgyűlések közötti időben az egyházkerületi tanács intézi az ügyeket. Az egyházkerületet a püspöki és a főgondnok képviseli.
Az egyházkerületek munkáját a Zsinat fogja össze, mint a a Magyarországi Református Egyház törvényhozó és legfőbb intézkedő testülete. A Zsinatnak 100 tagja van. Tagjai a püspökök, a főgondnokok, intézmények képviselői, egyéb tisztviselők és a választott zsinati tácsosok. A Zsinat a törvénybe nem tartozó feladatok teljesítésére Zsinati Tanácsot választ és a tanácskozási ügyek előkészítésére szakbizottságokat alakít.
Források:
http://www.presbiterkepzes.hu/node/192
https://hu.wikipedia.org/wiki/Magyarorsz%C3%A1gi_Reform%C3%A1tus_Egyh%C3%A1z#Szervezeti_fel.C3.A9p.C3.ADt.C3.A9se.2C_int.C3.A9zm.C3.A9nyei